Pendant longtemps au Japon, une ère où les paysans et pauvres se faisait percécuter, où le sabre dé samourais faisait la lois, où le gouvernement qui était situé à Kyoto gouvernait comme une dictature, c'était l'ère Edo. Mais il y a dix ans de notre histoire une guerre civile éclata, une poignée de patriotes révolutionnaire accompagné du peuple se soulevèrent contre le gouvernement et créerent une nouvelle ère : l'ère Meiji. Le plus puissant des patriotes s'appelait Battosaï Himura ou Battosaï l'assassin.

Notre histoire commence en l'an 1878 à Tokyo devenu la capitale, q'un vagabond du nom de Kenshin ayant un sabre dont la ligne est inversée qui est du coup incapable de tuer un homme, rencontre Kaoru Kamiya, la fille du créateur du dojo de l'esprit vivant Kamiya, son pèere y enceignait sa technique qu'il avait lui même crée : le sabre qui protège la vie, il est mort il y a quelques années ; mais celle-ci se rend vite compte que le minable vagabond n'est en fait que le légendaire Battosaï qui est un surnom de guerre et que son nom est Kenshin, celui-ci s'est promis de ne jamais tuer plus personne à cause du nombre de meutre qu'il a commit au cours de son passé. Celui-ci accepte de l'aider à s'occuper du dojo pour que des disciples reviennent apprendre la technique de cette école de Kendo (arts martial utilisant le sabre) mais cela ne s'annonce pas d'une grande réussite bien que Kenshin  parvient à trouver un jeune garçon de 10 ans qui est issu  d'une lignée de samouraï, ses parents sont morts au cours de la guerre, son nom est Yahiko Myojin, il devient le disciple non sans mal de Kaoru.